L’anàlisi dels pressupostos des de la perspectiva de gènere no és gens fàcil i acostuma a topar-se amb molts problemes.
A continuació, exposarem alguns dels problemes més comuns.
Manca d'informació desagregada per sexe. Molt sovint, no es disposa de informació desagregada per sexe. Per exemple, al cas de les despeses públiques, les partides pressupostàries no acostumen a aparèixer desagregades per sexe. De la mateixa manera, al cas dels ingressos, no s’acostuma a observar qui realitza l’ingrés (un exemple clar es troba en la majoria dels productes de consum gravats per l’IVA).
Invisibilitat de la persona beneficiària. La distribució de la despesa tradicional dificulta l’anàlisi per sexe de les beneficiàries i beneficiaris potencials. Això es deu al fet que la despesa es dirigeix a programes o polítiques per als quals la destinatària o destinatari final no és la persona sinó un projecte, per exemple un edifici o una carretera.
Falta d'informació d’alguns col·lectius. En alguns casos, la informació sobre els ingressos públics per sexe no s’observa a causa de circumstàncies particulars de la recaptació. Per exemple, al cas de l’IRPF no es disposa de informació sobre aquelles persones que no estan obligades a declarar. Donat que les persones amb pocs recursos són les que no estan obligades a declarar i que relativament les dones disposen de menys recursos que els homes, es disposarà doncs de menys informació sobre el col·lectiu de dones que sobre el d'homes.
Persona de referència. En algunes ocasions no està clarament definida la persona sobre la qual es grava. Per exemple, al cas de l’IRPF a Espanya on es permet fer la declaració individual o conjunta, no és possible distingir entre si l’aportació neta és aportació de la dona, de l’home, o de les famílies.
A priori o a posteriori. A vegades, a priori no es pot saber quin serà l’efecte de gènere d’una intervenció específica. Per exemple, al cas de que es realitzi la privatització d’un servei públic, les conseqüències no es faran evidents fins després de la privatització, i per tant, l’única anàlisi que es pot fer és una anàlisi a posteriori.